“十二五”期間，新疆鐵路建設投資規模將達1200億～1500億元人民幣，加快新疆連通內地、新疆與周邊國家以及新疆區內共三個方面的大通道建設。預計到2015年，新疆鐵路營運里程可翻番，達到8200公里。目前，新疆鐵路營運里程已突破4000公里。未來新疆鐵路建設主攻方向為：加快新疆連通內地、新疆與周邊國家以及新疆區內共三個方面的大通道建設。
新疆有蘭州至烏魯木齊第二雙線快速鐵路、吐魯番至庫爾勒至阿克蘇鐵路、庫車至俄霍布拉克鐵路、哈密至羅布泊鐵路、蘭新線西段電氣化改造、阿克蘇至喀什鐵路、哈密至額濟納鐵路、庫爾勒至格爾木、北屯至富蘊至準東、哈密至將軍廟鐵路、中吉烏鐵路喀什至吐爾尕特段、烏魯木齊集裝箱中心站、新和至拜城鐵路等13條鐵路項目納入《鐵路“十二五”發展規劃》中。
此外，《鐵路“十二五”發展規劃》圍繞新疆境內準東、吐哈、伊犁、庫拜等4大煤炭能源基地進行鐵路運煤通道規劃，將既有蘭新線、烏魯木齊至小黃山至五彩灣至將軍廟鐵路、將軍廟至哈密、哈密至額濟納鐵路，精河至伊寧至霍爾果斯鐵路、吐魯番至庫爾勒至阿克蘇鐵路、庫車至俄霍布拉克鐵路、新和至拜城鐵路等8條鐵路項目也納入其中。
2012年新疆鐵路建設將繼續快速發展，2012年將開工建設烏魯木齊新客站、精伊霍鐵路伊寧至霍爾果斯段電氣化等4個項目，繼續推進蘭新線安北至紅柳河電氣化改造工程、蘭新線紅柳河至烏西電氣化改造工程、蘭新鐵路第二雙線(新疆段)等8個在建鐵路項目。下達鐵路投資129.4億元。其中中央補助資金822101萬元(全部為鐵道部補助資金)、新疆財政自籌77000萬元，鐵道部貸款394899萬元。
同時，鐵道部對我區哈密至額濟納、烏魯木齊新客站、北屯至富蘊至準東等鐵路項目前期工作進行了安排，其中：哈密至額濟納鐵路、烏魯木齊新客站計劃2012年開工建設、北屯至富蘊至準東鐵路計劃2012年完成可研批復。做好2012年新疆鐵路基本建設投資和項目前期工作，對新疆全面實施鐵路“十二五”規劃，平穩有序推進鐵路建設，促進新疆跨越式發展和長治久安具有重要意義。
根據國家《中長期鐵路網規劃》和部區會議紀要精神，今后5年內，新疆每年都要建成開通、交付運營新線約1000公里，新建鐵路多數地處南北疆邊遠艱苦地區或經濟欠發達地區。