2015年11月27日，環保部又公開批評15個項目的建設單位和編制環境影響報告書的環評單位弄虛作假。15個項目環評報告書公眾參與中的“公眾”，要么無法取得聯系，要么回應說未填過調查表。環保部斥責，這些項目環評公眾參與實際上是在走形式。
治標的同時，治本的制度建設也緊緊跟上。
2015年11月1日，環保部修訂后的《建設項目環境影響評價資質管理辦法》正式實施，“從制度設計上徹底解決‘紅頂中介’問題”。
比如，不再將環評機構評價范圍等級與環保部門審批級別掛鉤，明確規定負責審批或核準環評文件的主管部門及其所屬單位出資設立的企業、從事技術評估的企業，均不得申請環評資質。
新管理辦法還建立了從國家到地方的四級誠信檔案數據庫，對環評機構和從業人員違法違規行為及時進行記錄，并向社會公布。
標本兼治措施下，紅頂環評機構脫鉤迅速推進、如期完成：2015年年底，環保部直屬的8家環評機構率先完成了脫鉤，到去年底，所有地方環保部門350家環評機構分兩批已經全部完成了脫鉤任務。其中176家取消或者注銷了資質，174家由原環評機構職工自然人出資設立環評公司或者整體劃至國有資產管理部門。
“這意味著從今年開始，不論是人還是資產，沒有一家環評機構跟環保部有任何關系，我們把這件事情切割得干干凈凈。”陳吉寧說。
基礎性制度變革：把環評要求都落實在排污許可證上
排污許可證制度，是陳吉寧上任后力推的又一重大舉措，也被環保系統內人士評價為中國環境治理的基礎性制度的重大變革。
2016年11月21日，國務院發布《控制污染物排放許可制實施方案》，進一步落實中央關于改革環境治理基礎制度的部署，對污染物的排放者和管理者提出了新的要求。
而事實上，在這之前，陳吉寧已在多個場合透露了這一改革的信號。
2015年的國合會年會上，陳吉寧表達了許可制改革的最終目標：以排污許可制度為核心，整合各項環境管理制度，建立統一的環境管理平臺，實現排污企業在建設、生產、關閉等生命周期不同階段的全過程管理;實行一企一證;實行“一證式管理”;明晰各方責任，強化監管，落實企業的誠信責任和守法主體責任，推動企業從被動治理轉向主動防范。
這之后，排污許可制改革成為了環保部低調推行的重要任務之一。2016年1月11日，環保部成立了排污許可證實施領導小組，并設置了綜合組、大氣組和水組3個工作組，開始部署地方試點工作，目前，海南省已經拿到了環保部批復的排污許可證試點工作方案，開始深耕這塊改革的試驗田。
在2016年全國環境保護工作會議上，陳吉寧又發出信號：“所有固定污染源的企業排污許可制工作，先選擇污染物排放量較大、管理基礎較好的行業和地區開展試點，到2020年實現許可證發放覆蓋所有固定污染源。”
陳吉寧強調，固定污染源的企業排污許可制，要整合固定源環境管理的相關制度，實現一企一證、分類管理，強化證后監管與處罰，使這項制度成為固定點源環境管理的核心制度。
整合環境影響評價、“三同時”驗收、主要污染物總量控制、排污申報、排污權交易等制度，將許可制度與前置審批、過程監管、違規處罰等相銜接，實現制度關聯銜接、目標措施一體。
同時，陳吉寧還強調要落實企業主體責任，實行企業自主申請、舉證、監測、公開的管理制度。建設國家污染源數據庫，構建國家統管、四級聯網、面向公眾、社會公開的信息平臺。
在2017年3月9日的發布會上，陳吉寧又表示，環評改革要與排污許可證制度銜接，把環評要求的每一項環保措施落實在排污許可證上，作為下一步企業投產運行的守法依據，也作為環保人員執法的依據。
“我們希望通過這樣的工作，一方面簡政放權，另一方面通過加強事中事后監管，切實發揮環評的預防作用。”