一些地方在處置“僵尸企業”過程中還遇到了一些歷史遺留問題。山東省高院的一份調研報告顯示，多數企業在申請破產之前就長期拖欠職工工資和養老、醫療等社會保險金，破產財產不能全額兌現職工的欠發工資、養老保險等勞動債權。記者了解到，根據《社會保險法》，退休人員應該交由社會管理，但因種種原因，一些“僵尸企業”一直承擔著這一沉重的社會管理職責，拖累企業退出步伐。
——資金籌措渠道窄。一些地方負責人表示，在處置“僵尸企業”過程中，資金缺口成為最主要的制約因素。武漢市工業控股集團相關負責人表示，去年以來該集團共處置3家“僵尸企業”，涉及職工安置1900余人。處置過程中最大的難題是錢從哪兒來的問題。他介紹，這三家“僵尸企業”安置職工資金支出為1.3億元，此前5年集團為這三家企業輸血支借了6億多元，這些資金目前都是集團承擔。
“去年去產能中，鋼鐵和煤炭國家都安排資金用于職工安置，但非煤炭和鋼鐵產業的‘僵尸企業’，職工安置、債務化解等方面，無論財政還是國資都沒有解決渠道。”這位負責人表示，這些資金支出若全靠集團開支很難持續。
——部分地方不放手。聶輝華等專家分析認為，這幾年全國法院受理的企業破產案件數量很少，一個重要原因是地方政府不愿放手。有地方干部坦言，之所以地方寧愿讓地方國企變成“僵尸”也不愿讓其退市，是因為少了一個國企，就少了不少的局級、處級職數。地方也擔心一旦沒了國企，搞宏觀調控就少了很多抓手，很難完成經濟發展和調控的任務。
“地方也有難言之隱，如果處置‘僵尸企業’過程中，出現大量工人下崗情況怎么辦?地方很難經受太大壓力。”一位地方負責人說。